Maafisa wanasema washambuliaji wapatao watano kutoka kundi la al-Shabab - waliuawa walipoingia katika eneo la ikulu hiyo.
Washambuliaji hao wanadaiwa kulipua bomu lililotegwa kwenye gari karibu na langu kuu la Ikulu hiyo.
Waziri wa habari na mawasiliano wa Somalia Mustaf Dhuhulow ameambia BBC kuwa tayari mmoja wa washambuliaji hao amekamatwa na anahojiwa na polisi.
Waziri Mustaf amesema, '' Walishambulia ikulu ya rais saa za jioni. Alikuwa watu washambuliaji watatu pamoja na dereva wao.
Washambuliaji hao waliuawa lakini dereva wao alipata majeraha madogo na anazuiliwa na polisi na kuhojiwa.
Walijaribu kuvamia Villa Somalia lakini wakakomeshwa. Tutawapa maelezo zaidi baadaye. Na tutaweza kutoa maelezo zaidi kwa raia wa Somalia na dunia nzima.''
Hii ni mara ya pili kwa Al Shabaab kuvamia ikulu ya rais mjini Mogadishu mwaka huu japo mara ya kwanza walifanikiwa kuingia ndani.
Rais Hassan Sheikh Mohamoud hakuwepo wakati wa shambulio hilo.
Kundi la wapiganaji wa kiislamu Al shabaab limefukuzwa kutoka mjini Mogadishu tangu mwaka wa 2011 lakini limekuwa likifanya mashambulio ya kuvizia tangu wakati huo.
Wanamgambo hao wanaaminiwa kufanya mashambulio kadhaa pia katika nchi jirani ya Somalia kama vile Kenya, Uganda na Tanzania kama njia ya kulipiza kisasi kwa kuingia majeshi ya Umoja wa Afrika nchini Somalia.
